在患者就诊过程中，优化流程，推进多学科联合诊疗，实现“患者不动医疗”。耳鼻喉头颈外科甲状腺中心位于门诊楼4层，右侧为诊室，左侧为b超室。这两个房间是相连的。这里，甲状腺中心的医生和超声检查师一起去看医生。在正确的诊室看完医生后，患者可以直接去隔壁房间做b超。在此之前，超声科设在二楼，如果病人想要检查，必须下楼。现在，有了这种设置，患者可以少进行门诊检查和完成门诊检查而不离开诊所。
为了积极推进非首都功能的缓解，北京同仁医院取消了崇文门医院的产科设置，将产科迁至亦庄医院。崇文门校区产科门诊月平均归档量为100个，将完全交给亦庄校区新门诊楼产科。2021年3月每月归档260件，预计到2021年底每月归档300件。
针对东南地区孕妇人数不断增加、情况复杂的情况，在亦庄医院新门诊部的产科设立了孕妇会诊诊所。产科将与儿科、内分泌科、营养科、麻醉科等科室合作，为有需要的孕妇进行会诊。与此同时，产科将继续完善和建立孕产妇急诊和危重治疗的绿色通道，以保护孕产妇健康。
